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厦门理工是地理位置好，但福建工程无论从整体实力，还是省政府的支持力度上都优于厦门理工。
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下面先对两所院校电气工程及其自动化专业办学实力进行一下比较：
福建工程学院
福建工程学院坐落于素有“海上丝绸之路”门户之称的历史文化名城福州。2013年经国务院学位委员会批准为硕士学位授权单位，并被确定为福建省重点建设高校。
福建工程学院信息科学与工程学院，现设“电气工程及其自动化”、“电子信息工程”、“通信工程”、“计算机科学与技术”、“信息管理与信息系统”、“网络工程”、“微电子科学与工程”、“软件工程”、“物联网工程”、“建筑电气与智能化”、“数据科学与大数据技术\"、“网络空间安全”12个本科专业。“电气工程”专业硕士学位点2015年开始招生。“电气工程及其自动化”为国家特色专业、省级综合改革试点专业。
厦门理工学院
厦门理工学院位于被誉为“高素质的创新创业之城、高颜值的生态花园之城”的国家中心城市——厦门，是福建省属公立本科大学，实行省市共建、以市为主的管理体制。
厦门理工学院电气工程与自动化学院，设有电气工程及其自动化、自动化、智能电网信息工程3个本科专业，均已纳入福建省一本招生。2017年，电气工程及其自动化专业顺利通过教育部工程教育专业认证，“电气工程”学科是福建省重点学科，2017年学校获批工程专业硕士学位授权点专业。电气工程及其自动化专业是省级特色专业。
通过以上了解可知，虽然两所院校都是普通院校，都拥电气工程硕士学位授予权，但是福建工程学院“电气工程”专业硕士学位点2015年开始招生，厦门理工学院“电气工程”专业硕士学位点2017年开始招生，且厦门理工学院“电气工程及其自动化”为国家特色专业，厦门理工学院“电气工程及其自动化”为省级特色专业。说明福建工程学院“电气工程及其自动化”整体办学实力较强。
个人认为：福建工程学院电气工程及其自动化好！
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